微生物学系始建于1955年，现有教职工19人，其中教授7名、副教授7名，博士生导师4名、硕士生导师14名，河南省学术技术带头人3名，5人次担任省级学会、协会理事长、副理事长职务。拥有我省第一个微生物学硕士授权点，现有农业生物技术博士点1个，微生物学、发酵工程、农业生物技术、生物工程、微生物学（高校教师）等5个硕士点，学科涉及理、工、农三大学科门类。 1988年开始本科招生，1993年开始硕士招生，已培养本硕博学生近两千人遍布全省发酵和生物技术产业，为地方经济和河南省生物产业做出了积极贡献。
科研上立足河南农业和发酵工业大省的实际，形成了微生物酶学、环境微生物学、能源微生物学、食用与药用真菌学等四个稳定、特色鲜明的研究方向。下设有“酶工程研究中心”和“食用菌技术中心”，在农业用酶、食品加工用酶、能源用酶等的生产和改造、食用菌新品种的选育、栽培和加工、生物环境修复、生物质能源工程等方面作出了重要贡献，引领着河南省食品发酵、食用菌等产业的发展。近年来，在J Microbiol Biotechnol，Process Biochem，BBRC等国内外知名刊物上发表论文335篇，被SCI和EI收录10篇，出版教材专著22部，申报国家发明专利12项。近年来获得十二五重大支撑计划、国家自然科学基金及省重大、重点科技攻关项目近30项的资助，获得省部级科技进步奖7项。
